Le condizioni logistiche, anche se disuguali nei diversi periodi di esistenze del campo, furono sempre catastrofiche. I primi prigionieri arrivati nel campo, dormivanosulla paglia stesa sul pavimento. Dopo vennero usati materassi di paglia che di notti si stendevano sul pavimento e di giorno si accatastavano. I prigionieri ricevevano soltanto una coperta. In camera che poteva contenere appena 40-50 persone, ne dormivano circa 200. Sopra un sacco o materasso di paglia giacevano 3-4 persone. La ristrettezza dello spazio obbligava i prigionieri a giacere su un fianco e quando essi dovevano alzarsi per i bisogni fisiologici, non trovavano più il proprio posto. In tali circostanze era impossibile dormire. Di notte invece di riposarsi, si stancavano di più. La notte era un prolungamento della fatica e dei tormenti sopportati durante il giorno. Nonostante l'introduzione di letti a tre piani, le condizioni logistiche si fecero sempre più difficili. In ogni letto dormivano due prigionieri. Soltanto alla fine del 1943 e all'inizio del 1944, i prigionieri dormirono soli nel letto.
I fabbricati destinati al alloggiare i prigionieri erano chiamati blocchi. Ad Auschwitz erano di masonite. Se per esempio il piano terra era marcato "Blocco 7", allora marcavano il primo piano "Blocco 7a". In ogni piano del blocco abitavano circa 700-800 persone. Nel periodo dei grandi trasporti, i prigionieri abitarono anche nei seminterrati e dei sottotetti. Il loro numero crebbe fino a 1500. A Birkenau le condizioni logistiche erano ancora più disastrose. Questo campo aveva due principali tipi di baracche. Le prime, le cosidette "baracche di legno", erano scuderie camprestri⁶⁵ destinate a raccogliere 52 cavalli. Le altre, le cosidette "baracche di masonite", invece dei letti avevano scompartimenti a tre piani. Quando le autorità del campo trovavano questo tipo di baracca scrivevano che poteva contenere "550 prigionieri". Poi cancellavano questo numero e scrivevano "744 prigionieri". Infine vi ne collocarono anche 1000. Uno dei prigionieri così descrisse l'interno della baracca:⁶⁶

"Il blocco era riempito da quattro fila di bassi scompartimenti, a forma di pollaio a tre piani. Persino quando faceva molto caldo, nel blocco era freddo umido. La paglia, mezza putrida e puzzolente, proveniva dai tetti delle case distrutte nelle vicinanze del campo. Negli scompartementi più in basso, lapaglia mescolata al fango diveniva sterco. Era meglio alloggiare nelle celle più in basso, la paglia mescolata al fando diveniva sterco. Era meglio alloggiare nelle celle più in alto, ma queste erano già occupate. Quelle centrali e di sotto erano libere, ma senza paglia... L'impiantito delle celle di sopra non era di tavole ma di stanghe rotonde, per cui i pezzetti di paglia putrida si riversavano su di noi. Era una polvere indescrivibile. Ci avvolgevamo al capo con il vestito per ripararcene. Gli stivali ed i berretti si servivano da cuscini. L'aria soffocante, la fame e la sete non ci permettevano di dormire. Le primitive stufe collocate lungo la baracca non riuscivano a riscaldarne l'interno."

Il clima malarico dei dintorni di Auschwitz in cui l'acqua - come constatò il dr. ing. Zunker - non era neppure adatta per gargarismi, le cattiva condizioni logistiche, la fame, l'insufficiente vestiario che veniva cambiato raramente, contribuirono a generare malattie ed epidemie. L'ospedale del campo si trovava nei blocchi n. 20, n. 21, n. 28, ed anche in una parte del blocco n. 19.

Per le condizioni igienico - sanitarie, per l'insufficiente equipaggiamento degli strumenti medici e delle medicine, l'ospedale era "l'anticamera del crematorio". Molte persone malate non potevano essere ricoverate per mancanza di posto. Perciò i medici delle SS, periodicamente selezionanvano i malati, i convalescenti e gli altri prigionieri. I deboli e coloro che non potevano guarire, venivano diretti nelle camere a gas. Se si trattava di poche persone, si uccidevano con iniezioni di fenolo. Nello stesso modo i medici delle SS "liquidarono" ad Auschwitz e a Birkenau epidemie di tifo. Il 29 Agosto 1942 furono uccisi nelle camere a gas 746 prigionieri malati selezionati dai medici delle SS. Nel campo morivano ogni giorno centinaia di persone. Molti prigionieri morirono di tifo e di diarrea. I medicamenti fondamentali erano l'aspirina e le pastiglie di carbone di lena. Quindi persino la malattia più insignificante diveniva minacciosa. Per le scarpe inadatte, si formavano sui piedi ferite e flemmoni. Il corpo del prigioniero malato di scabbia si copriva in breve tempo di vaste ferite, a causa della sporcizia. Le operazioni chirurgiche fatte dai medici delle SS finivano spesso con la morte dei prigionieri ed avevano il carattere di esperimenti pribiti. Si trattavi di studi pratici sugli organismi viventi dei prigionieri. La notizia della morte del prigioniero era comunicata alla famiglia o ai parenti sia direttamente dal campo di concentramento, sia per mezzo del rispettivo posto della Gestapo. I cadaveri erano bruciati nel crematorio del campo e il decesso veniva annotato nel registro dell'ufficio di stato civile del campo.

Come negli altri campi, anche ad Auschwitz i medici delle SS, facavano esperimenti sui prigionieri. Tra i più atroci si devono annoverare quelli del dottor Carl Clauberg, eseguiti sulle prigioniere del blocco n. 10, allo scopo di preparare un metodo rapido per la sterminazione biologica degli Slavi. In uno scritto del 7 Giugno 1943, diretto ad Himmler, Clauger comunicò:⁶⁷

"Se gli esperimenti fatti da me procederanno come adesso e non c'è motivo di dubitarne sarà vicino il momento in potrò dire: Un medico ben preparato, con un buon equipaggiamento e con l'eventuale aiuto di dieci persone, sarà in grado nella sala operatoria di sterilizzare⁶⁸ in un giorno anche 1000 persone..."

Negli appunti scritti di propria mano, il comandante Höss scrisse che "L'azione dei medice delle SS nel campo di Auschwitz era tutt'altro che curativa." ⁶⁹Essi mandavano nelle camere a gas persone incapaci di lavorare, uccidevano con iniezioni al fenolo, ispezionavano l'uccisione dei milioni di uomini nelle camere a gas, assistevano alle esecuzioni e ai colti di frusta, facevano esperimenti sui corpi dei prigionieri. Nel processo n.1 contro Carlo Brandt e altri medici hitleriani, il Tribunale Militare Americano a Norimberga constatò che:

"gli esperimenti erano l'inosservanza drastica dei trattati internazionali, delle regole e delle abitudini della direzione militare e i principi risultanti dei codici penali di tutti gli stati civili del mondo."